Muster nano sim karte

Statistisch gesehen werden für alle ausgerichteten Lesevorgänge die Längen der gesamten gelesenen und ausgerichteten Bereiche von NanoSim-Lesungen und ONT-Lesungen aus den gleichen Verteilungen (Abb. 1b und c, Ergänzende Abb. S9–13b, S9–13c). Die Verteilung der ausgerichteten Regionen weist auch ein bimodales Muster mit zwei Spitzen auf, mit Ausnahme des R9 1D-Datensatzes, während die einzige Längenverteilung, die ReadSim gut erzeugt, die vollständige Verteilung ausgerichteter Lesevorgänge im E. coli R7.3-Datensatz (Supplementary Fig. S10b). In dieser Arbeit modellieren wir die Basisaufruffehler von ONT-Lesevorgängen, um die Simulation von Sequenzen mit ähnlichen Eigenschaften zu informieren. Wir zeigen die Leistung von NanoSim auf öffentlich verfügbaren Datensätzen, die mit den R7- und R7.3-Chemikalien und verschiedenen Sequenzierungskits generiert wurden, und vergleichen die resultierenden synthetischen Lesevorgänge mit denen anderer Langsequenzsimulatoren und experimenteller ONT-Lesevorgänge. Wir erwarten, dass NanoSim eine ermöglichliche Rolle auf diesem Gebiet spielt und die Entwicklung skalierbarer Sequenzierungstechnologien der nächsten Generation für die langen Nanoporen-Lesevorgänge, einschließlich Genommontage, Mutationserkennung und sogar metagenomischer Analysesoftware, unterstützt. Benzaid, R., Chevalier, J. & Saadaoui, M. Frakturzähigkeit, Festigkeit und langsames Risswachstum in einem ceria stabilisierten Zirkonia–Aluminiumoxid-Nanokomposit für medizinische Anwendungen. Biomaterialien.

29, 3636–3641 (2008). Koltsov, I., et al. Thermische und physikalische Eigenschaften von ZrO2-AlO(OH) Nanopulvern, die durch Mikrowellen-Hydrothermalmethode synthetisiert werden. J Therm Anal Calorim. 131 (3), doi.org/10.1007/s10973-017-6780-8 (2017). Projekt-Homepage: www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/nanosim und github.com/bcgsc/nanosim Li, G., Li, W., Zhang, M. & Tao, K. Charakterisierung und katalytische Anwendung homogener Nano-Verbundoxide ZrO2–Al2O3. Catalysis Today 93-95, 595–603 (2004). Unter Verwendung eines Escherichia coli-Datensatzes wurde berichtet, dass der GC-Gehalt von 2D-Lesevorgängen sehr nahe am Verweis liegt und dass dies einen geringen Einfluss auf die Sequenzierungsfehlerraten hat [8]. In früheren Arbeiten haben wir auch beobachtet, dass Substitutionsfehler nicht einheitlich sind, mit einer schwachen Neigung zu G und C [5]. Da der zugrunde liegende Mechanismus, der diese Verzerrung verursacht, unklar ist, spiegelt sich dieses Muster nicht in den synthetischen NanoSim-Lesevorgängen wider.

Abbildung 2 zeigt die Phasenkarte für ZrO2-Al2O3 nanokristalline Pulver. Es ist zu beobachten, dass t-ZrO2-basierte Feststofflösung, die mit einer kleinen Menge m-ZrO2 (bis zu 20 Gew.%) koexistiert, bis zu 30 mol. % von Al im Glühtemperaturbereich bis 1000 °C vorhanden ist. Die Solide-Lösungsformel ist Zr(1x)AlxO(2x/2), wobei x-0,45. Die Phasentransformation fester Lösungen während des Temperaturanstiegs für Zusammensetzungen bis zu 30 mol.% von Al wird unten dargestellt (1): NanoSim wird die Entwicklung von Bioinformatik-Technologien für die langen Nanoporen-Lesevorgänge, einschließlich Genom-Montage, Mutationsdetektion und metagenomische Analyse-Software, unterstützen. Derzeit sind noch keine Daten mit hoher Abdeckung des menschlichen Genoms verfügbar, die von Nanoporentechnologien sequenziert werden. Mit Hilfe von NanoSim können Bioinformatik-Softwareentwickler die Skalierbarkeit ihrer Werkzeuge mithilfe simulierter Lesevorgänge einfach testen. NanoSim wurde beispielsweise für das Profiling und Das Benchmarking langer, fehleranfälliger Lesealgorithmen verwendet [16]. Darüber hinaus wird eine Mischung aus Silico-Genomen, die ein Mikrobiom simulieren, hilfreich sein, um Algorithmen mit Anwendung in der Metagenomik zu vergleichen, einschließlich funktioneller Genvorhersage, Artennachweis, vergleichender Metagenomik und klinischer Diagnose. Daher erwarten wir von NanoSim eine ermöglichliche Rolle in diesem Bereich.

Entgegen unseren Ergebnissen zeigten Stefanic und Music28, dass die monoklinische Phase für x > 0,3 nicht bei 1000–1100 °C auftritt. Ähnlich wie unsere Ergebnisse identifizierten Kimmel et al.13 feste Lösungen im gleichen Zusammensetzungsbereich. Die erhaltenen ZrO2-Nanopulver waren jedoch nach dem Trocknen bei Raumtemperatur quasi-amorph. Unsere Ergebnisse zeigten, dass bei Zusammensetzungen mit höherer Al-Menge und nach thermischer Behandlung bis 600 °C eine erhebliche Menge an amorphem Aluminiumoxid vorhanden ist (was auch Probleme bei der Rietveld-Analyse verursacht).